NISA と特定口座は分けて記録する

公開: 2026-08-04

同じ銘柄でも、口座が違えば税の扱いが違います。まとめて記録すると判断を誤ります。

同じ銘柄でも、口座が違えば別物として扱う

同じ ETF を、特定口座でも NISA 口座でも持っている。投資を続けていると、よくある状態です。

記録するときに迷うのがここです。同じ銘柄なのだから合算して「◯株持っている」でよいのではないか、と考えたくなります。

結論から言うと、分けて記録すべきです。理由は 3 つあります。

最も大きな違いです。

特定口座	売却益は課税。源泉徴収の有無を口座開設時に選べます。配当は、源泉徴収なしの口座であっても原則として支払時に源泉徴収されます。
NISA 口座	売却益は非課税。配当は、国内の上場株式・ETF・REIT の場合、証券会社を通じて受け取る方式（株式数比例配分方式）を選んでいることが非課税の条件です。発行会社から直接受け取る方式では課税されます。

「利益が 10 万円出ている」という数字は、口座によって手取りが変わります。合算してしまうと、いくら手元に残るのかが計算できません。

さらに、NISA 口座では損失が無かったものとして扱われます。特定口座なら他の利益と相殺できる（損益通算）ものが、NISA ではできません。繰越控除も使えません。損が出たときの意味も違うのです。

現金が必要になって一部を売る場合、どちらの口座から売るかで結果が変わります。

特定口座から売れば、利益に対して原則として課税されます。ただし同じ年の損失や、繰り越した損失と通算できれば、実際の税額は変わります
NISA 口座から売れば非課税です。売った商品の取得価額のぶんは 翌年に非課税保有限度額（総枠）が空きます。ただし、その年に買える金額は年間投資枠の範囲内なので、「売れば同じ年にすぐ買い直せる」わけではありません

合算した数字しか見ていないと、この判断ができません。 「どちらにどれだけあるか」を知っていて初めて選べることです。

同じ銘柄でも、買った時期が違えば取得単価は違います。特定口座で 3 年前に買った分と、NISA で今年買った分では、取得原価も損益率も別です。

合算して加重平均を取ると、ひとつの数字にはなりますが、 どちらが含み益でどちらが含み損かが分からなくなります。

分けて記録すると、今度は「この銘柄を全部でいくら持っているか」が見えにくくなる、という逆の問題が起きます。

解決策は、記録は分けたまま、表示のときにまとめることです。同じ銘柄を 1 枚のカードに集約し、その内訳として「特定口座で ◯株、NISA で ◯株」と並べる形にすれば、両方が見えます。

実務的には、明細ごとのメモに「特定」「NISA」と書いておくのが簡単です。持ち主（誰の資産か）とは別の軸なので、 持ち主で分けるのではなく、同じ持ち主の中で分けることになります。

現行の NISA には 2 つの枠があり、買える商品や年間の上限額が異なります。同じ NISA 口座の中でも枠が分かれているため、枠の使用状況を把握したい場合は、メモをさらに細かく分けておくと役に立ちます。

制度の詳細は変わることがあります。 年間の投資上限額、非課税保有限度額、枠の復活の扱いなどは、金融庁や利用している証券会社の最新の案内をご確認ください。この記事で扱うのは記録のしかたであって、制度の解説ではありません。

配当・分配金も、口座によって手取りが変わります。

さらに米国株・米国 ETF の配当には、現地でも源泉徴収があります （日米租税条約の適用を受ける通常の配当なら、原則 10%。商品の形態や条件によって例外があります）。 NISA 口座であっても、この現地の課税分は非課税になりません。加えて、NISA 口座では外国税額控除が使えません。

ここから「米国 ETF は NISA より特定口座が有利」と短絡しないでください。 たしかに NISA では外国税を取り戻せませんが、そのかわり国内の約 20% が課税されません。配当課税だけを見れば、外国税額控除が使えることだけで特定口座が有利になるとは言えません。

実際の判断には、損益通算ができるか、限りある NISA の枠を何に使うか、その商品が NISA の対象かといった事情が絡みます。一概には決まりません。

どちらにせよ、判断するにはどちらの口座にどれだけあるかが見えている必要があります。

この記事は一般的な情報の整理であり、税務上の助言ではありません。制度は改正されることがあります。実際の判断にあたっては、国税庁・金融庁の資料、ご利用の金融機関の案内、または税理士にご確認ください。

この記事の内容は、実際に動くツールで確かめられます。

登録も口座連携も不要です。保有している銘柄を入れるだけで、資産の全体像が 1 画面に出ます。